Réponse dans la FAQ de la DGFIP :
"OUI, lorsque les prestations soumises à autoliquidation et celles qui ne devraient
pas l’être sont prévues dans le même contrat de sous-traitance (contrat unique). Il
s’agit alors pour le sous-traitant d’une prestation globale dont l’intégralité est
soumise à l’autoliquidation.
NON, lorsque les prestations soumises à autoliquidation et celles qui ne devraient
pas l’être sont prévues dans des contrats distincts. Chacune suit le régime qui lui
est propre."
http://www.impots.gouv.fr/portal/deploiement/p1/fichedescriptive_7142/fichedescriptive_7142.pdf